小惑星からのSOSを受け、コンボイとアパッチはサイバトロン宇宙基地から救出に向かった。
だが、その途中爆発に巻き込まれ、コンボイ1人が行方不明になってしまう。
その頃、破壊大帝ガルバトロンが率いるデストロン軍団は、惑星ガイアのアンゴルモアエネルギーを用いてガイアを宇宙侵略の前線基地にしようと企んでいた。
そこに惑星ガイアのアンゴルモアエネルギーを調査しにコンボイ不在のコンボイ部隊がやってきた。
ガイアに近づいたサイバトロンの宇宙船はガイアからのデストロンの攻撃を受け、コンボイ部隊の面々はそれぞれの脱出ポッドでガイアに不時着した。
しかし、ガイアの大気はトランスフォーマー達にとって非常に危険であったため、隊員達は惑星の動物をスキャンし、身体を惑星の環境に合わせた。
行方不明だったコンボイも、実はこの惑星ガイアに不時着していた。
コンボイは白いライオンをスキャンしてライオコンボイとなり、デストロンの罠に落ちた仲間達を救い、無事に合流した。
一方のデストロンは、ガイアの過去に存在していたマシンをスキャンして、サイバトロンに戦いを挑んできた。
ライオコンボイ率いるサイバトロン軍は惑星ガイアと宇宙の平和を守るため、悪の軍団デストロンと戦う。